Les montagnes tendent à renforcer la personnalité d'un vignoble, en le tenant à l'écart des influences extérieures. Il n'est donc pas surprenant que les vins du Jura, de Savoie et du Bugey, n'aient pas grand-chose de commun avec les autres vins de l'est de la France, et soient issus de cépages introuvables ailleurs. Le Jura, zone montagneuse assez isolée, avoisinne la frontière suisse à l'est de la France. Son paysage est une succession de crêtes rocailleuses et de pâturages champêtres où paissent quelques vaches.
C'est aussi un pays de fromage, le comté en particulier. La ville de Lons le Saunier occupe le centre de la vaste appellation des Côtes-du-Jura, qui s'étend du nord au sud. On y trouve tous les types de vins, sans oublier le mousseux. L'appellation Arbois, autour de la jolie ville du même nom, donne les meilleurs vins rouge à base de pinot noir, et des cépages indigènes Poulsard et Trousseau. L'Etoile est une petite appellation, surtout productrice de vins blancs, tandis que celle de Château-Chalon offre le meilleur vin jaune, le plus original des vins du Jura, issu du Savagnin.
